생강 뿌리썩음병은 대체로 싹이 올라온지 한달 남짓 후인 7월 상순부터 발생하기 시작한다. 토양속의 별원균은 싹이 나온 부분을 침해하여 썩히거나 줄기의 땅가부분을 가해하며 병든 줄기는 근경에서 잘 탈락한다.
병이 진전되면 지상부 포기가 노랗게 황화하며, 줄기와 잎은 말라 죽고 지하부의 근경은 최초 발병된 부분부터 썩기 시작하여 인접부분으로 진전한다.